Для того, чтобы вернуть сотруднику излишне удержанный НДФЛ, достаточно заявления самого сотрудника. Обращаться в инспекцию и ждать решения налоговиков о возврате не нужно. Это напрямую следует из 231 статьи НК РФ.

Работодатель должен вернуть налог из собственных средств, а далее уменьшить на эту сумму текущие платежи по НДФЛ за этого сотрудника.